南京中医药大学翰林学院始建于2002年3月，2005年5月被教育部批准为独立学院。2010年9月，学院移址素有“文昌水秀，祥泰之州”之誉的苏中历史名城泰州市办学，坐落在国家医药高新技术产业开发区内，为较早创立者进驻中国医药城的全日制本科院校，也是全省高等教育综合改革试点独立学院之一。